Sæsonen blev præget af to konkurser. I vinterpausen gik det ud over Køge Boldklub, og efter den første kamp i foråret 2009, var det så FC Amagers tur. Sidstnævnte var en overbygning til Fremad Amager, Kløvermarken FB og Amager FF. Køge Boldklub etablerede i sommeren 2009 en fælles overbygning med Herfølge Boldklub, der fik navnet HB Køge. De spiller i dag på Køge Stadion (2021).

I november sagde cheftræner Tom Nielsen op, selvom han stadig havde et år tilbage af kontrakten. I følge en artikel på bold.dk, skyldtes det, at han grundet dårlige resultater, og kun en plads lige over nedrykningsstregen, var blevet chikaneret af Hvidovre-fans, der ringede til ham om natten, på hans hemmelige telefonnummer. Hvidovre valgte dog at fyre Tom Nielsen, med kun tre kampe tilbage, hvorefter assistenttræner Brian Riemer overtog efteråret ud. Dette skyldtes, igen ifølge Tom Nielsen selv, at han havde haft et opgør med sportschef Finn Johansen. Efter sidste kamp i efteråret, blev Kenneth Brylle ansat som cheftræner i december. Brian Riemer var blevet hentet af FC København, og tog et par af de unge talentfulde spillere, Franck Semou og Christoffer Remmer med, dog først efter forårets kampe.

I maj måned meddelte BK Frem, at de gik i betalingsstandsning, og indgav konkursbegæring. Som en støtte til Frems spillere, klappede Hvidovres spillere Frem på banen, i den indbyrdes kamp på Hvidovre Stadion d. 28. maj. D. 29. maj meddelte Frem, at der var interesserede investorer, men på trods af det, indgav spillerne konkursbegæring i juni. Frem blev dog reddet i juli måned, da der blev hentet lige omkring 2 millioner og konkursen blev afblæst. Frem kunne ellers være blevet den 3. klub i dette forår, som stod til tvangsnedrykning.