Ungdom: Hundige Boldklub, FC København, Chelsea FC U18 - England
Senior: Chelsea FC U23 - England (2008-09), Landskrona BoIS - Sverige (2009, leje), AZ Alkmaar U21 - Holland (2009-10), Landskrona BoIS - Sverige (2010, leje), FC Midtjylland (2010-12), FC Fredericia (2011, leje), Rot-Weiß Erfurt - Tyskland (2013), BK Avarta (2014-15), Sligo Rovers - Irland (2015-16), FC Roskilde (2016-19), Hvidovre IF (2019-20), BK Avarta (2020-21), Vanløse IF (2021-22)

Morten er søn af tidligere landsholdspiller, Benny Nielsen. Blev tidligt anset som et stort talent, og mange klubber var ude efter ham. Efter prøvetræninger hos Arsenal, Liverpool & Chelsea, endte det med at han kom til Chelseas akademi. Han har spillet 26 kampe på diverse ungdomslandshold, hvor de 9 har været på U/19.